Notre laboratoire NGS (Next Generation Sequencing) est pourvu d’équipements permettant la qualification et la quantification des extraits d’ADN (Biorad Pulsed Field Gel Electrophoresis system, Invitrogen Qubit 4 Fluorometer, Nanodrop), ainsi que d’équipements permettant la préparation de librairies NGSII ou NGSIII (Qiaxcel migration system, Bioruptor® Pico sonication device, QIAxcel Connect System, hotte PCR STARLAB guardOne).

Plusieurs séquenceurs (NGSIII) longs fragments Oxford Nanopore Technology (ONT) sont également disponibles (quatre Minion MK1B, deux MK1C et un PromethION P2Solo).
Le pilotage des séquenceurs est assuré par un PC en capacité de réaliser un séquençage en mode adaptive sampling (NVIDIA RTX 5000 ) avec une capacité de stockage de 70Tb.
Un NAS Synology est également disponible pour le stockage froid des données brutes générées (200 Tb).

Ces équipements nous permettent de répondre à des objectifs tels que la production de données pour l’assemblage de génomes de novo, le resequençage pour l’analyse de diversité de type SNPs ou structurales, l’identification de modifications épigénétiques telles que les methylations.

Collaborations institutionnelles (PHIM, CBGP, ISEM, MARBEC, LGDP, etc.) et inter-institutionnelles (INRAE, CIRAD).