Équipe

GENOPS

Étude des Génomes des Plantes pérennes d'intérêt pour le Sud

Coordination :

Romain

Guyot

Frédérique

Aberlenc

L’équipe GENOPS étudie des espèces de plantes tropicales à forte valeur économique (principalement les palmiers et les caféiers) ainsi que leurs parents sauvages.
Ces espèces sont essentielles tant pour la sécurité alimentaire et économique que pour l’adaptation aux changements globaux et à la subsistance des populations vulnérables dans le Sud global.

En ce qui concerne les palmiers, l’équipe se concentre sur la détermination du sexe et des chromosomes sexuels. L’équipe GENOPS possède une forte expertise dans la culture de tissus végétaux.

Mots clés :

Génomique
Pangénomique
Épigénomique
Bioinformatique
Éléments transposables
Mécanisme de détermination du sexe
Systèmes de reproduction
Diversité génétique
Biotechnologie végétale
Palmiers
Caféiers.

Projets

Bridges_coffea, ANR: https://anr.fr/Project-ANR-23-CE20-0047

Bridges_coffea, ANR: https://anr.fr/Project-ANR-23-CE20-0047;

Rufford fundation, Ex Situ Conservation of Three Coffea (Baracoffea) Species Adapted to the Semi-Arid Regions of Northwestern Madagascar: https://www.rufford.org/projects/rickarlos-bezandry/ex-situ-conservation-three-coffea-baracoffea-species-adapted-semi-arid-regions-northwestern-madagascar/

Universidad Autonoma de Manizales, Colombia/ Cenicafé: Coffee leaf rust genome analysis

CAPES 22/03320-5 /CNPQ 441084/2023-0 Aroeira genome project

ARTS IRD PhD grant; Bactris gasipaes genome project

PeachPalm4life, ANR: https://anr.fr/fileadmin/aap/2025/selection/aapg-2025-selection-vague2.pdf

PalmElite: Freepalm Oil palm genome project

CNPQ 404419/2024-0 Comparative Genomics and Molecular Evolution of Proline Metabolism in Myrteae tribe species

RésiPalm : Résilience des agrosystèmes basés sur les palmiers au Bénin (Jeune Equipe Associée à l’IRD)

DJIPALM : Sexage précoce des palmiers dattiers au service de la restauration et du développement durable des agroécosystèmes oasiens à Djibouti

https://www.ird.fr/djibouti-vers-une-agriculture-durable-grace-au-sexage-des-palmiers

https://fundinnovation.dev/projects/revitaliser-palmeraies-pour-preserver-oasis-djibouti

https://fundinnovation.dev/news/redynamiser-culture-palmier-dattier-grace-sexage-plants

Publications

Fioroni N., Rodríguez M. D. P. D., Leconte N., Mouquet Rivier C., Guzman C., Boudard F., Dhuique-Mayer C., Collin M., Deglos A., Reboul E., Bravo-Núñez A., Laurent-Babot C.. 2025. Development of an in vitro triculture model of intestine inflammation to assess the immunomodulatory properties of cassava and roselle, two African green leafy vegetables. NFS Journal. 38. 100213.

Coulibaly K. R. L., Thio B., Collin M., Koita K., Sanou J., Fernandez D.. 2025. Life cycle of the root-knot nematode Meloidogyne javanica in papaya and histological analyses of root infection and gall development. Tropical Plant Pathology. 50(1). 30.

Tessarotto H., Beulé T., Cherif E., Orjuela J., Farhat P., Lindström J.L., Lemansour A., Santoni S., Käfer J., Aberlenc F. 2025. Convergent evolution of sex chromosomes in two palm species, Phoenix dactylifera and Kerriodoxa elegans. Annals of Botany. mcaf191.

Nehr Z., Avia K., Godfroy O., Jacquemin B., Mauger S., Farhat P., Gouhier E., Coudret J., Fort A., Sulpice R., Cruaud C., Jaugeon L., Potin P., Valero M., Cock J. M. 2025. Genetic and transcriptomic analysis of a Saccharina latissima segregating F2 family detects groups of individuals with different responses to temperature stress. Algal Research. 91. 104203.

Saro I., Rodríguez-Rodríguez P., Rivera D., Obón C., Aberlenc F., Díaz-Pérez A., Zehdi-Azouzi S., Curbelo L., Sosa P. A.. 2024. The Genetic Characterization of the Canarian Endemic Palm (Phoenix canariensis) by Simple Sequence Repeats and Chloroplast Markers: A Tool for the Molecular Traceability of Phoenix Hybridization. Diversity. 16(7). 411.

Bezandry R., Dupeyron M., Gonzalez-Garcia L., Anest A., Hamon P., Ranarijaona H. L. T., Vavitsara M., Sabatier S., Guyot R.. 2024. The evolutionary history of three Baracoffea species from western Madagascar revealed by chloroplast and nuclear genomes. PLOS ONE. 19(1). e0296362.

Correia de Lemos S. M. C., Paschoal A. R., Guyot R., Medema M., Domingues D. S.. 2024. Genome mining of metabolic gene clusters in the Rubiaceae family. Computational and Structural Biotechnology Journal. 23. 22-33.

Labeyrie A., Vlaminck W., Bouamra Y., Rafflegeau S., Lacan X., Feintrenie L.. 2024. OptiPalMex: transformando la producción de palma de aceite en México hacia un futuro sostenible e inclusivo. Parte 2. P de Palma Magazine. n.spéc. Programa Holistico. 46-47.

Sarmiento Cabello S., Rodríguez-Rodríguez P., Arbelo Ramírez G., Naranjo-Cigala A., Curbelo L., da Graca Gomes M. D. M., Brito J., Aberlenc F., Zehdi-Azouzi S., Sosa P. A.. 2024. A Comparative Genetic Analysis of Phoenix atlantica in Cape Verde. Plants. 13(16). 2209.

Adeoti K., Salako K. V., Daa-Kpode U. A., Ouedraogo A., Santoni S., Aberlenc F., Kpatenon M. J., Latreille M., Tollon-Cordet C., Etse K. D., Abba Mahmoud O. H., Faye A., Jaligot E., Beulé T.. 2024. Efficiency of simple sequence repeat (SSR) markers in genetic diversity study and differentiation of Borassus aethiopum Mart. and Borassus akeassii Bayton, Ouédr. and Guinko. Genetic Resources and Crop Evolution. 72. 1903-1919.